Trước kia Mali là một phần của ba đế quốc Tây Phi nổi tiếng, vốn kiểm soát đường thương mại xuyên Sahara vận chuyển vàng, muối, nô lệ, và các vật dụng quý giá khác.[11] Ban đầu vùng đất ngày nay là Mali là bao gồm những vương quốc Sahel không có ranh giới địa chính trị cũng như một bản sắc dân tộc đặc thù.[11] Đế quốc xuất hiện sớm nhất là đế quốc Ghana và được cai trị bởi người Soninke, vốn là một tộc người nói ngôn ngữ Mande.[11] Quốc gia này mở rộng về Tây Phi từ thế kỷ thứ VIII đến năm 1078, khi nó bị chinh phục bởi triều Almoravids.[12]

Sau đó, đế quốc Mali được thành lập ở phía bắc con sông Niger, và đạt tới đỉnh cao quyền lực của nó vào thế kỷ XIV.[12] Trong thời kỳ đế quốc Mali tồn tại, các thành phố cổ đại của Djenné và Timbuktu trở thành trung tâm thương mại và học thuật hồi giáo.[12] Đế quốc này sau đó bị sụp đổ do những âm mưu chia rẽ trong nội bộ, và được thay thế bởi đế quốc Songhai.[12] Tộc người Songhai bắt nguồn từ nơi mà hiện nay là miền tây bắc Nigeria. Người Songhai vốn đã tồn tại từ lâu ở Tây Phi và hiện diện như là một thế lực chính chống lại sự cai trị của đế quốc Mali.[12]

Vào cuối thế kỷ XIV, người Songhai dần dần giành được độc lập từ đế quốc Mali và sau đó mở rộng ảnh hưởng rồi cuối cùng làm chủ toàn bộ phần phía đông của đế quốc Mali.[12] Tiếp đó đế quốc của người Songhai sụp đổ sau cuộc xâm lược của người Maroc do Judar Pasha chỉ huy vào năm 1591.[12] Sự sụp đổ của đế quốc Songhai đánh dấu sự kết thúc vai trò của khu vực này như là một phần của tuyến đường thương mại.[12] Tuy nhiên sau khi các tuyến đường biển được thiết lập bởi các cường quốc Phương Tây, tuyến đường thương mại xuyên Sahara mất đi tầm quan trọng của nó.[12] Nạn đói tồi tệ nhất được ghi nhận trong khoảng thời gian từ năm 1738 đến năm 1756, đã giết chết khoảng một nửa dân số ở Timbuktu.[13]

Trong thời kỳ thuộc địa, Mali nắm dưới sự cai trị của Pháp bắt đầu từ cuối thế kỷ XIX.[12] Đến năm 1905, phần lớn các khu vực của Mali đều do các công ty Pháp quản lý và là một phần của Sudan thuộc Pháp.[12] Vào đầu năm 1959, Mali (sau đó là Cộng hòa Sudan) và Sénégal hợp nhất để trở thành Liên bang Mali. Liên bang Mali giành được độc lập từ Pháp vào ngày 20 tháng 6 năm 1960.[12] Sau đó Sénégal rút khỏi liên bang vào tháng 8 năm 1960, điều này tạo điều kiện cho việc thành lập nhà nước độc lập của Mali vào ngày 22 tháng 9 năm 1960. Modibo Keïta được bầu làm tổng thống đầu tiên.[12] Ngay lập tức Keïta thiết lập một nhà nước đơn đảng, trên vị thế độc lập theo định hướng xã hội chủ nghĩa với các mối quan hệ chặt chẽ với phương Đông, và thực hiện quốc hữu hóa để kiểm soát các nguồn tài nguyên của đất nước.[12]

Vào tháng 11 năm 1968, do nền kinh tế của Mali tiếp tục suy giảm và trì trệ, chính phủ của Keïta bị lật đổ trong một cuộc đảo chính không đổ máu được tiến hành bởi Moussa Traoré.[14] Sau sự kiện này, Mali được điều hành bởi một chính phủ quân sự với Traoré là tổng thống, ông này đã nỗ lực cải cách nền kinh tế. Tuy nhiên mọi cố gắng của ông đều trở nên vô nghĩa bởi bất ổn chính trị và nạn hạn hán tàn phá trong khoảng thời gian giữa năm 1968 và 1974,[14] vốn đã giết chết hàng ngàn người.[15] Chính phủ Traoré còn phải đối mặt với cuộc bạo động của sinh viên bắt đầu nổ ra vào cuối thập kỷ 1970 và ba nỗ lực đảo chính. Tuy nhiên, Traoré đã dập tắt được mọi sự chống đối cho đến cuối thập kỷ 1980.[14]

Trong thời gian này, chính phủ tiếp tục tiến hành cải cách kinh tế, tuy nhiên sự bất bình trong dân chúng ngày càng gia tăng.[14] Đáp lại những yêu cầu ngày càng tăng phải có một nền dân chủ đa đảng, chính phủ Traoré cho phép một số quyền tự do hạn chế về chính trị, nhưng lại từ chối thiết lập hệ thống dân chủ một cách đầy đủ.[14] Năm 1990, các phong trào chống đối liên tiếp nổi lên, và tình hình càng phức tạp hơn bởi bạo độc sắc tộc ở miền bắc theo sau sự trở về của nhiều người Tuareg về Mali.[14]

Phong trào chống đối chính phủ cuối cùng đã dẫn đến cuộc đảo chính vào năm 1991 đi đến thiết lập một chính phủ chuyển tiếp, và một bản hiến pháp mới.[14] Năm 1992, Alpha Oumar Konaré trở thành tổng thống Mali đầu tiên chiến thắng trong một cuộc bầu cử dân chủ, đa đảng. Và trong lần tái bầu cử vào năm 1997, Tổng thống Konaré đã thông qua một loạt các chính sách cải cách kinh tế và chính trị, chiến đấu chống tham nhũng. Năm 2002, ông từ chức và qua một cuộc bầu cử dân chủ, chính phủ Mali được điều hành bởi Amadou Toumani Touré, một tướng về hưu, vốn là người lãnh đạo về mặt quân sự của cuộc đảo chính vào năm 1991.[16] Ngày nay, Mali là một trong những nước có được sự ổn định chính trị và xã hội nhất châu Phi.[17]